Αποστολή του Τμήματος είναι η ανάπτυξη των σπουδών Κοινωνικής και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας, με ιδιαίτερη έμφαση σε ζητήματα θεωρίας, μεθοδολογίας, εθνογραφίας και διαπολιτισμικής σύγκρισης με δυτικές και άλλες κοινωνίες. Στόχος του Τμήματος Κοινωνικής Ανθρωπολογίας είναι να εφοδιάσει τους φοιτητές με τις εξειδικευμένες γνώσεις και την επιστημονική μεθοδολογία που απαιτούνται για την έρευνα και τη μελέτη της κοινωνίας και του πολιτισμού. Πιο συγκεκριμένα, ιδιαίτερη έμφαση αποδίδεται στην ανάλυση των κοινωνικών, οικονομικών και πολιτικών θεσμών, στη διερεύνηση των συμβολικών και γλωσσικών αναπαραστάσεων, στην ανάλυση της κοινωνικής κατασκευής του φύλου, στην εξέταση της δομής των συγγενικών συστημάτων, στην ερμηνεία των διαδικασιών κατασκευής πολιτισμικών ταυτοτήτων και συγκρότησης εθνοτικών και θρησκευτικών ομάδων, στην ανάλυση των εκπαιδευτικών μηχανισμών, των μεταναστευτικών κινήσεων και των δομών υγείας. Στους στόχους του Τμήματος, περιλαμβάνεται επίσης η ανάπτυξη κοινών ερευνητικών προγραμμάτων και η ενίσχυση επιστημονικών ανταλλαγών με δυτικές αλλά και άλλες κοινωνίες, και ειδικότερα στην ευρύτερη περιοχή της Μεσογείου, των Βαλκανίων, της Νοτιοανατολικής Ευρώπης και των όμορων ισλαμικών κοινωνιών.
